O Centro Estudantil João Paulo II foi fundado no início dos anos 80 para atender a clientela das suas proximidades. Ele era a única escola particular que existia na área, ficava situado na Avenida C, nº 1381 da 2ª etapa do Conjunto Ceará. O seu nome, dado pelas suas proprietárias, foi uma homenagem ao Papa da Igreja Católica.
Ele tinha como filosofia formar jovens para a vida e foi fundado no dia 03/11/1982, oferecendo inicialmente a educação pré-escolar e, nos anos seguintes, as demais séries do Ensino Fundamental.
Somente no ano de 1990 as suas duas fundadoras (Maria Rozilda Alves de Lima e Raimunda Correa Lima) realizam a primeira Feira de Ciências e, também, a primeira Olimpíada Esportiva da escola.
Em Novembro de 1997 as proprietárias da escola, por motivos pessoais, vendem o imóvel para o casal Terezinha de Jesus Araújo de Beça Noronha e Lívio Cesár de Beça Noronha. Sob nova direção o colégio passa a oferecer a comunidade, a partir de 1999, o Ensino Médio, porém, não mais funcionado em dois turnos.
No início de mais um novo século, problemas surgem no processo de administração da unidade escolar. Cresce a inadimplência em virtude da forte recessão econômica enfrentada pelo país e o CEJPII, por consequência, tem dificuldades para se manter funcionando.
No dia 12/03/2001, a escola João Paulo II em dificuldades financeiras foi locada para a Prefeitura Municipal de Fortaleza (CE) como um anexo do CMES Edmilson Pinheiro e passou a ter a sua frente a educadora Esmeraldina Maria Rocha Barbosa, a "Ismel", exercendo a função de coordenadora.
Durante dois anos a unidade escolar funcionou como anexo, sendo que, no dia 14 de Outubro de 2003 ela foi promovida a escola patrimonial do município de Fortaleza e recebeu um Núcleo Gestor formado pelas educadoras Lêda Maria Penha (Diretora), Maria Cleide Ribeiro (Vice Diretora) e Maria Valquíria Lemos Dantas (Secretária).
A escola também recebeu além do Núcleo Gestor um Corpo Técnico formado pelas educadoras Gláucia Soares Lessa (Supervisora Escolar) e Francilíbia Cunha Frota Teixeira (Orientadora Educacional).
Atualmente, o Núcleo Gestor da EMEIF João Paulo II tem à frente as educadoras Cláudia Maria de Almeida Nunes (Diretora Geral), Francisca Pinheiro Barros (Vice Diretora) e Maria Valquíria Lemos Dantas (Secretária). O atual Corpo Técnico tem a sua frente a educadora Ana Cláudia Fernandes Soares (Coordenadora Pedagógica) e a educadora Francisca Maria de Morais Forte (Coordenadora Pedagógica).